Osnovni proces pročišćavanja u  BioCko uređajima izvodi se pomoću žive mikrobiološke kulture u aktivnome mulju.
Mulj se sastoji od mješavine mikroorganizama i bakterija te im je za život potrebna hrana koju uzimaju iz otpadnih voda
Proces pročišćavanja otpadnih voda ubrzava se upuhivnajem zraka pomoću kompresora.

Proces pročišćavanja:

1. Selektivna komora za sedimentaciju (SS komora): protočna komora uređaja za pročišćavanje u koju sakupljaju otpadne vode iz kućanstva za biološku razgradnju. Fekalije pomiješane sa aktivnim muljem prelaze kroz otvor na dnu u aeracijsku komoru.

2. U aeracijskoj komori (AA komora) dolazi do upuhivanja zraka pomoću kompresora  preko aeratora ugrađenog na dnu uređaja za pročišćavanje. AA komora omogućava biološki proces pročišćavanja otpadne vode pomoću zraka i bakterija. Bakterije imaju dovoljno kisika i hrane iz otpadne vode koja dolazi iz SS komore.

3. Komora za razdvajanje (S komora): Mješavina blata dolazi iz AA komore do komore za razdvajanje gdje dolazi do razdvajanja bakterija od pročišćene vode.Aktivne bakterije padaju da dno S komore gdje se ponovno prepumpavaju na početak procesa, a pročišćena voda se ispušta u okolinu. Mješavina blata se može koristiti kao gnojivo, koje se prazni dvaputa godišnje.

Neke od prednosti biopročišćivača su:

• pouzdan je i ima dugi vijek trajanja
• ne stvara buku i nema mirisa
• ekonomičan je i učinkovit
• upotreba je jednostavna i pouzdan je za pročišćavanje otpadnih voda
• jedinstvena tehnologija omogućava visok stupanj sigurnosti
• niski troškovi ugradnje